查士丁尼大瘟疫是公元541至542年折磨着拜占庭帝国，包括首都君士坦丁堡的大瘟疫。关于导致瘟疫发生的疾病，最广为接受的是腺鼠疫。
大瘟疫五次爆发：公元541-544，557-558，572-574，590，599。其中第一次爆发导致了1/3人口死亡，帝国人口由约4000万下降到2600万，君士坦丁堡40%的城市的居民死亡。547-548爆发动物流行病，畜牧业受到致命打击。
从南极与格陵兰的冰芯取样重建的气候演化证据表明，超级火山喷发造成的公元535-536年气候极端事件，导致了持续多年的火山冬天，全球农业生产崩溃、饥馑肆虐，从而瘟疫流行性大暴发。 最可能的超级火山是拉包尔火山或者伊洛潘戈湖火山。
据估计查士丁尼大瘟疫使全世界1亿人丧生。它使541年至700年间的欧洲人口减少约50%，可能也是阿拉伯人征服成功的原因之一。
