蛋白酶(英语:protease)是生物体内的一类酶(酵素),它们能够分解蛋白质。分解方法是打断那些将氨基酸连结成多肽链的肽键。
抑制蛋白酶活性的小分子化合物被称蛋白酶抑制剂。许多病毒蛋白酶的抑制剂是很有效的抗病毒药。