双鞭毛虫门（Dinoflagellata）过去算作藻类植物的一门。目前被分类为囊泡藻界的一个门。约1000种。分布于池塘、湖泊和海洋中。
也有称作“甲藻门”的。但是，根据《中国生物物种名录》2011版，在双鞭毛虫门之下设有甲藻纲。Dinoflagellata是旋(希腊语的 δῖνος dinos)+鞭毛虫(flagellate)之意。
由于该门的种类有一半为自营，另一半为异营。也有很多物种是混合营养。所以长期以来植物学家与动物学家把该门划入自己的研究领域，分别称为“甲藻”与“双鞭毛虫”。植物学家把它们视作一大类的藻类，命名为Pyrrophyta或Pyrrhophyta，意为"fire algae"，其中pyrr(h)os是希腊语的“火”之意。
双鞭毛虫(甲藻)具有很高的形态多样性，一般为单细胞、双鞭毛。其染色体未结合组蛋白，首尾相接成环状，具有原核细胞的特征，被称为介核生物（mesokaryto）。由于具有从无囊泡变化为有囊泡的形态，再现其进化历史非常困难。
甲藻作为主要的初级生产者，...
