DNA微阵列-族谱新闻-族谱网

DNA微阵列

2017-10-16

出处：族谱网

作者：阿族小谱

浏览:692次

转发:0次

评论:0

生产方式基因芯片的制作方式基本可分为以下几型：Stanford型由美国斯坦福大学开发的cDNAarray的制作方法，将预先合成好的核酸探针布放于玻片载体上。优点：设计较长的探针长度可增加专一性。缺点：芯片密度较光罩法低，并须有良好的保存设计。这种方法又可分为点制法与印制法。点制法是小规模生产或实验室自制的低密度芯片，以机械手臂上带有毛细作用的细微刻痕的钢针，将核酸探针溶液点放于玻片或聚酯纤维膜上。成本低廉，适合探针数少或制造需求量不大的状况。印制法是从喷墨打印机的方式变化而来，用加热气泡的方式将核酸探针置于玻片上,使用制作~3万点的基因芯片；例如PhalanxJet。原位合成法原位合成（insitusynthesised），将核苷酸分子依序列利用不同方法学控制化学反应,一个一个接上去形成核酸序列,快速生产精准(定位准确且位向均一)、超高密度(100万-200万点)芯片.合成法主要有二种,一

生产方式

基因芯片的制作方式基本可分为以下几型：

Stanford型

由美国斯坦福大学开发的cDNAarray的制作方法，将预先合成好的核酸探针布放于玻片载体上。优点：设计较长的探针长度可增加专一性。缺点：芯片密度较光罩法低，并须有良好的保存设计。

这种方法又可分为点制法与印制法。

点制法是小规模生产或实验室自制的低密度芯片，以机械手臂上带有毛细作用的细微刻痕的钢针，将核酸探针溶液点放于玻片或聚酯纤维膜上。成本低廉，适合探针数少或制造需求量不大的状况。

印制法是从打印机的方式变化而来，用加热气泡的方式将核酸探针置于玻片上, 使用制作~3万点的基因芯片；例如PhalanxJet。

原位合成法

原位合成（in situ synthesised），将核苷酸分子依序列利用不同方法学控制化学反应, 一个一个接上去形成核酸序列, 快速生产精准(定位准确且位向均一)、超高密度 (100万-200万点)芯片. 合成法主要有二种, 一种为利用技术, 将核苷酸如墨水般, 喷入特定位置进行固相合成 (solid phase phosphoramidite chemistry), 另一种为使用电子芯片制作的光刻法（Photolithography），利用光罩控制反应光化学反应进行合成. 合成技术因合成时只需输入座标与核酸序列, 不需前置成本, 所以应用弹性高, 主要合成探针长度为60-mer以上, 且因反应体积大更可合成至300-mer用于合成生物学用途.光刻法由于制程、光罩成本、光照反应效率等因素，这种方法做出的探针长度约在25-mer以下,因探针短所以同一个基因需要多个探针对应，以避免误判。合成技术使用厂商有 Agilent, 光刻法使用厂商主要有 Affymetrix、Roche NimbleGen (Nimblegen已于2013年停止生产芯片)等。

微珠布放法

Illumina公司有其独特的微珠阵列，将核酸探针制作于微小颗粒上，再将其布放于特制玻片。

qPCR array

在96孔或384孔标准PCR盘或384孔微流体盘中，预先合成好即时PCR引子与探针，将检体注入后以定量PCR方式进行反应与侦测分析。分析量比传统芯片少，属于低密度阵列，但兼具准确定量与定性；并且设备与技术门槛低，一般分子生物实验室即可自行操作。新的中密度qPCr array：OpenArray是Applied Biosystems（应用生命系统公司，隶属于Life Technologies集团）产品，在玻片大小的疏水性基板中分为数十个矩阵区域；矩阵内为亲水性表面的微孔，有一组预先合成好的引子与探针。现有的规格是每片玻片有12*4（48）个矩阵区域，每个区域为8*8（64）孔。预计2012年有新的12K芯片与专用机台上市。

原理

微阵列背后的的核心原理是两条DNA链之间的杂交，互补核酸序列的性质专门配对彼此通过形成互补的核苷酸碱基对之间的氢键。